Non si era ancora arrivati allo scisma di Martin Lutero (31 ottobre 1517), ma all'interno della Chiesa si muovevano critiche a riguardo del comportamento dei suoi membri, ivi compreso il Papa.
Al tempo di Savonarola il Papa era Alessandro VI, assai potente ma esempio di cattiva virtù. Figli suoi furono i famosi Cesare e Lucrezia Borgia, il primo, soprannominato Valentino e preso a modello dal Machiavelli per il suo "Il Principe") anche ottimo condottiero, la seconda nota per la sua bellezza e per la sua lussuria.
Savonarola ebbe il coraggio di denunciare gli scandali e lo fece soprattutto a Firenze dove signoreggiava Lorenzo de' Medici, passato alla storia per molti meriti e anche mecenate di tanti artisti, tra i quali Leonardo da Vinci, Michelangelo Buonarrotti, Sandro Botticelli, Domenico Ghirlandaio, per citare solo i maggiori.
Nella Storia d'Italia, di Lorenzo il Magnifico, Montanelli e Gervaso ci danno questo ritratto: "Fisicamente, Lorenzo non aveva nulla di attraente. Era alto e robusto, di colorito olivastro come il nonno; ma il volto aveva qualcosa di volgare per via della mascella pesante e delle narici larghe, schiacciate come quelle di un pugile e con una distorsione del setto che dava alla sua voce un tono sgradevolmente nasale. Ma tutti i testimoni sono concordi nel riconoscere che bastava parlare cinque minuti con lui per essere immediatamente conquistati dalla sua cortesia e dalla sua straordinaria capacità di aderire all'interlocutore.".
Il nonno di Lorenzo era Cosimo de' Medici, colui che riuscì ad imporre il prestigio della casata in una Firenze in cui le lotte tra le famiglie abbienti avevano seminato di lutti la città.
Nel 1497 Papa Alessandro VI comminò la scomunica al frate domenicano, e Lorenzo de' Medici, non fece nulla per difenderlo. Anzi, Savonarola era uno dei suoi tanti accusatori e nemici. Infatti, contribuì alla cacciata dei Medici nel 1494 e promosse un nuovo governo repubblicano ispirato ai più severi e intransigenti principi. Si legge ancora da Montanelli e Gervaso: "Furono proibiti tutti i passatempi che avevano deliziato la Signoria medicea e avevano fatto di Firenze una raffinata Mecca d'edonismo cosmopolita. Furono messi al bando i canti carnascialeschi che avevano riempito la città ai tempi di Lorenzo, aboliti i giochi d'azzardo, le scommesse, i balli, le corse dei cavalli. I contravventori incorrevano in pene severissime, che venivano comminate dopo estenuanti interrogatori, accompagnati spesso dalla tortura. Ai bestemmiatori veniva tagliata la lingua. Sorte non migliore era riservata agli omosessuali, di cui – pare - anche a quei tempi la città pullulava.".
Fu rinchiuso a Palazzo Vecchio, processato e torturato, perfino costretto ad abiurare, come succederà più tardi a Galileo Galilei. Nonostante avesse abiurato, fu impiccato e bruciato sul rogo in Piazza della Signoria, insieme a due confratelli, Fra' Domenico da Pescia e Fra' Silvestro Maruffi.
Era il 23 maggio 1498.
